Berdasarkan instruksi kepala kantor wilayah Depdikbud Jawa Tengah tanggal 05 Juli 1990 Nomor : 053/1.03/H/90 yang berisi tentang diawalinya penerimaan siswa baru SMA Negeri 1 Pejagoan, dengan Kepala Sekolah yang dirangkap oleh Kepala SMA Negeri 1 Kebumen, Bapak Drs. Marsudi NIP. 130104239.
Kegiatan belajar mengajar bagi siswa baru, mulai dilaksanakan pada hari Senin, tanggal 16 Juli sampai dengan 21 Juli 1990 di SMA Negeri 1 Kebumen. Untuk selanjutnya sampai menunggu adanya gedung sekolah, maka pelaksanaan KBM dilaksanakan di SMP Negeri 1 Pejagoan pada waktu sore hari.
Jumlah siswa angkatan pertama adalah 130 siswa. Jumlah guru pengajar 15 orang dengan status guru tidak tetap dan 2 orang staf Tata Usaha dengan status Pegawai Tidak Tetap dan pembantu sekolah 2 orang dengan status Pegawai Tidak Tetap.
Sejak Januari 1991 kegiatan KBM mulai menempati gedung baru SMA Negeri 1 Pejagoan yang berlokasi di Desa Kebulusan, Kecamatan Pejagoan, Kabupaten Kebumen.
Berdasarkan Surat Keputusan Mendikbud Nomor : 021/0/1992, tanggal 05 Mei 1992 mendapat KEPUTUSAN KENEGERIAN SEKOLAH dengan nama SMA NEGERI 1 PEJAGOAN.
Kepala Sekolah yang menjabat di SMA Negeri 1 Pejagoan :
1.Drs. MARSUDI (1990-1991) 1 tahun
2.Drs. SLAMET SISWADI (1991-1993) 3 tahun
3.RUSLAN YUDOTARUNO, BA (1993-2001) 8 tahun
4.Drs. AIR MAS (2001-2002) 2 tahun
5.Drs. KARYONO (2002-2004) 2 tahun
6.Drs.H.KAMID PRIYANTO (2004-2008) 4 tahun
7.Drs.H. SUGITO (2008-2011) 3 tahun
8.H. AGUS SUNARYO S.Pd.M,Pd (2011-2016) 5 tahun
9. SUNARTO,S.Pd.,M.Pd. (2016 – 2021) 5 tahun
10. BUDI RIANTO, S.Pd., M.Pd. (Desember 2021 – Juli 2022/Plt Kepala Sekolah) 7 Bulan
11. ERNA UMU NURLAELA, S.Pd., M.Eng. (2022 – sekarang)